Wish You Were Here là album thứ hai của Pink Floyd mà từ chủ đề tới nội dung đều được Waters dàn dựng toàn bộ. Tất cả liên quan trực tiếp đến những cảm xúc của anh về tình bạn mà ban nhạc đã từng có nhưng hiện nay đã không còn nữa[3]. Album bắt đầu với đoạn hòa âm nhạc cụ dài và phức tạp trước khi tới phần ca từ của ca khúc "Shine On You Crazy Diamond" – một sáng tác tri ân Syd Barrett, vị thủ lĩnh đã phải rời ban nhạc từ nhiều năm trước vì những vấn đề tâm lý[4]. Hình bóng của Barrett được gợi lên ngay từ những câu hát đầu tiên "Remember when you were young, you shone like the sun"[gc 2] và "You reached for the secret too soon, you cried for the moon"[gc 3].

Wish You Were Here cũng chỉ trích mạnh mẽ nền công nghiệp âm nhạc. "Shine On" nối trực tiếp với ca khúc "Welcome to the Machine", bắt đầu với tiếng đóng cửa (theo Waters, nó gợi liên tưởng tới những khám phá âm nhạc, và những bước đi của ngành công nghiệp âm nhạc tới sự tham lam và cả thành công) và kết thúc bởi tiếng cười nói tiệc tùng minh chứng cho "sự thiếu giao tiếp và cảm xúc của con người". Tương tự, "Have a Cigar" gọi ngành công nghiệp thu âm là "fatcat"[gc 4], ngoài ra còn sử dụng nhiều cụm từ lóng như "can hardly count"[gc 5], "they call it riding the gravy train"[gc 6] và "by the way, which one's Pink?"[gc 7] – câu hỏi mà ban nhạc đã ít nhất một lần đặt ra[5]. Ca khúc chủ đề "Wish You Were Here" bao gồm ca từ không chỉ nói về Barrett mà còn khơi gợi tính cách đối lập trong con người Waters – một người đầy ý tưởng song cũng rất độc đoán[6]. Album kết thúc với ca khúc "Shine On" với nhiều đoạn chơi nhạc cụ phức tạp.